?

Log in

No account? Create an account

Previous Entry | Next Entry

В белке имеется 5 одинаковых аминокислот, все их надо заменить на другие аминокислоты с целью получить набор из пяти разных белков, в которых только одна из аминокислот исходная. Ну например, исходная ААААА, нужен набор АТТТТ, ТАТТТ, ТТАТТ и т.д. Как это сделать за наименьшее число шагов?

Помогите неграмотной :)

Comments

( 15 comments — Leave a comment )
prof_moriarty
Jun. 19th, 2011 04:50 am (UTC)
Если из ааааа сделали аааат, то можно ли потом из полученного аааат сделать ааатт? Или все надо из исходного ааааа?
overscience_mes
Jun. 19th, 2011 04:54 am (UTC)
исходный ааааа, но со всеми промежуточными комбинациями тоже возможны операции, за один раз можно менять одну букву
prof_moriarty
Jun. 19th, 2011 04:57 am (UTC)
А букв сколько? две? или а, т, г, ц и еще какая то?
overscience_mes
Jun. 19th, 2011 04:59 am (UTC)
не, на то что меняем не важно, меняем на одну любую другую, она будет одинаковой в итоговых мутантах, важно, чтобы в конце оставалась только одна А в каждой из позиций
old_surehand
Jun. 19th, 2011 06:33 am (UTC)
Если делать подобный мутагенез ПЦРом, то достаточно сделать 5 праймеров. :)
overscience_mes
Jun. 19th, 2011 06:38 am (UTC)
не пять, а десять :) Можно, конечно, меньше, но я почитаю это извращением.
дык, не в праймерах дело, а во времени :)

Вопрос про стратегию :) В подобном случае, я уже делала вообще нулевой мутант, чтобы вернуть по одному все на место, но тогда у меня были одиночные другие.
old_surehand
Jun. 19th, 2011 06:59 am (UTC)
Неа, если белок длинной в ~15 АК, то 5 праймеров достаточно т.к. без обратного они обойдутся прекрасно, если длинный - то 6 (5 + 1 обратный на всех). Ставишь в машинку все 5 проб за один раз, делишь все на одном геле - вот и вопрос времени решен! ;-)
При любой стратегии мутагенеза нужно ведь будет делать отдельную плазмиду на каждый мутант, так что все равно без этого не обойтись. Можно, конечно, делать мутации прямо на векторе, или даже свитчи, но на участке в 5 АК - это как из пушки по воробьям (все время, что выиграете на таком мутагенезе, проиграете на сиквенировании). И опять-таки все те же 5 праймеров нужны.
overscience_mes
Jun. 19th, 2011 10:49 pm (UTC)
Если б белок был 15 аа, я бы вообще заказала два олигнукдеотида, которые бы отожгла и т.д. Белок 500 аа и аминокислоты в разных частях его. Задача была формализована не для биологов, а для людей с математическим складом ума. Я сначала думала заменять аа одна за другой было бы наилучшей стратегией, но пврадоксальным образом оказалось, что быстрее всего сделать нулевой мутант и вернуть 4 из них на место. Тем более, что нулевой так и так делать.
Отсюда был и вопрос :)
old_surehand
Jun. 20th, 2011 03:37 am (UTC)
А, ну теперь понятно! :)
Если нулевой мутант нужен, то конечно так проще.
(По секрету - хотя не всегда. Мой постдок и его бывшее начальство во Франции с нулевым мутантом сидят сейчас в глубокой ж..пе. У C.albicans за синтез полисахаридов клеточной стенки отвечают 9 генов. Он раньше в INSERM работал, там две группы сделали такой мутант - они все эти 9 генов вырубили и получили фактически голые сферопласты. Определили вирулентность и еще что-то, написали 2 статьи. И уже 2 года никуда не могут их пристроить - все ревьюверы сразу же спрашивают "do you have any complementation data?". Вставлять все эти 9 генов обратно - совершенно нереально. Так что их уже из 6-7 журналов отфутболили).
overscience_mes
Jun. 20th, 2011 03:48 am (UTC)
не, мне нужны сингл цистеинс, я не уверена, что именно на прежних местах... это не самоцель, а первый этап

эх, да ребята круто попали... меня так французы, как раз, чморили, а теперь статьи шлепают по мотивам моих мыслей, которые заставили вырезать из текста, как необоснованные
(Anonymous)
Jun. 20th, 2011 12:36 pm (UTC)

QuikChange Lightning Multi Site-directed Mutagenesis Kit ?
overscience_mes
Jun. 21st, 2011 02:20 am (UTC)
У нас режим экономии сейчас, а так - вариант хороший.
tankozavr
Jun. 21st, 2011 11:59 am (UTC)
да, в режиме экономии будешь делать все по порядку(
может у соседей есть?)
(Anonymous)
Jun. 25th, 2011 10:31 pm (UTC)
ААААА -> ... 4 замены -> TTTTA -> ТТТТТ -> ATTTT
                                        -> TATTT
                                        -> TTATT
                                        -> TTTAT

9 замен.

---
yfs
overscience_mes
Jun. 26th, 2011 12:34 am (UTC)
да, я и сама пришла к этому выводу, просто, он мне показался парадоксальным
( 15 comments — Leave a comment )

Latest Month

October 2017
S M T W T F S
1234567
891011121314
15161718192021
22232425262728
293031    
Powered by LiveJournal.com
Designed by Ideacodes