?

Log in

No account? Create an account

Previous Entry | Next Entry

историческое 2

Итак, данные были в основном получены. Чтобы опубликовать в приличном месте, преподносить недоизученную модель - бессмысленно, пошлют после прочтения абстракта. Нужна была другая ключевая идея.

Главная проблема в том, что функция белка, несмотря на столько лет полуактивного изучения неясна. Да, он делает дырки в мембранах, что определяет его цитотоксичность, но оптимальная температура действия не для теплокровных, скажем так. Когда экспрессируется непонятно, в лабораторных условиях, и вовсе, слабо на фоне других субстанций, регулируется очень жестко, это, скорее, можно назвать блокируется. Ну и смысл держать такой ген в клетке под таким жестким контролем? Доморощенная биоинформатика выявила еще дополнительные уровни контроля, некоторые из них проверены и экспериментально. (Лишь этой осенью, на конференции стало очевидно, что такая многоуровневая регуляция с тонкой настройкой характерна и для других цитотоксических факторов. Впрочем, эти микробиологи довольно топорно все это изучают. Но мысль явно вошла в моду одновременно с нашей работой, только они это все хоть топорно, но публикуют.) Есть даже сомнения, что если репрессию дыркодела убрать, то он становится опасным и для родной клетки.
Некоторые животные, тем не менее, категорически отказались им травиться. По выражению соавторши,-- вот ведь паразитки трескают отравленную кашу, аж за ушами трещит. Но мы нашли, что нам надо, осталось сделать выводы.

Я, на тот момент, носилась с двумя умственными игрушками, первая - про множественную регуляцию, когда взаимодействие репрессоров может вести к активации. Этот экспериментальный кусок не закончен и захоронен. Вторая, идея авирулентных генов. Это когда гены использовавшиеся в качестве факторов патогенности в одних условиях, должны быть удалены или инактивированы, для проявления патогенности в других условиях. И это имеет место быть, так у Ерсинии целых кусков генома не хватает, а у страшной родственницы нашего зверя -- наш ген изящно выключен точечной мутацией, и не говорите мне, что это случайно. Идея авирулентных генов пришла к патогенам человека от патогенов растений. Там, у фитопатологов, эта идея не вызвала большого протеста, потому, что там конкуренция за медицинские деньги намного меньше :) Насколько я поняла в процессе публикации этой статьи - эта идея не вызывает большого энтузиазма в массах человекопатологов. Намного проще на каждом углу трубить, что изучаешь фактор патогенности, чем объяснять людям, что-то про авирулентность.

Чем же, наш несчастный малоэкспрессируюмый дыркодел так не угодил страшной бактерии, что она выключила его? Не насовсем выключила, такой сдвиг рамки может быть репарирован на уровне трансляционного и транскрипционного сдвига рамки считывания, причем с неплохой вероятностью (непроверенная спекуляция).

И тут присоединилась моя третья идея-фикс того времени. Апоптоз. Дело в том, как казалось мне, даже небольшая утечка дыркодела способна активировать апоптоз, провоцируя иммунный ответ организма, деактивирующий только начавший размножаться патоген. И дело кончится небольшим воспалением. А если патоген замаскируется - можно и всю власть захватить.
Краски, которые мы использовали для получения фотографий дафний, как раз, и используются для детекции апоптоза. Других доказательств у нас не было и не будет.

Так, мне показалось я нашла смысл. Цитотоксичность - авирулентность - апоптоз. Хах, я ужасно наивная бываю, да :)

Comments

( 18 comments — Leave a comment )
brother2
Aug. 2nd, 2009 06:20 am (UTC)
Как у вас там всё интересно.
А дырки он какого диаметра делает?
overscience_mes
Aug. 2nd, 2009 06:27 am (UTC)
нанометрового :)))

brother2
Aug. 2nd, 2009 06:38 am (UTC)
Как раз самое оно, то что надо (а почему на картинке минусы перед расстояниями?). А вообще там дырки они какого размера обычно? и есть ли какой нить обзор на эту тему.
aphest
Aug. 2nd, 2009 08:06 pm (UTC)
дык это вроде знак приблизительно '~'
overscience_mes
Aug. 2nd, 2009 08:50 pm (UTC)
О, я извиняюсь. Я объяснила. Скрыла последний комментарий и неподумала, что будут еще читатели :)
Спасибо. ИМХО, тильду я зря поставила, но в тексте было с десятыми, а в некоторых случаях 2.5 - и я была в сомнениях :)
brother2
Aug. 2nd, 2009 08:49 pm (UTC)
Можно я эту кортинку себе в презенгульку вставлю, цыфры как раз самое оно.

Обзор я как приеду почитаю, а то здесь в ауле нет ни на что подписки.

А ведь через такие мелкие дырки только вода и совскм мелочь может просачиваться. Это так?
overscience_mes
Aug. 2nd, 2009 08:55 pm (UTC)
Эта писулька распространяется бесплатно. Хотя ее русский вариант написан куда лучше перевода, но там уйма ссылок.

За цитату в презентации сочту за честь. Через такие дырки ухитряются электрическим полем протягивать РНК, ДНК и пептиды. Посмотри, классика жанра как приедешь
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=pubmed&Cmd=Search&Term=%22Bayley%20H%22[Author]&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_DiscoveryPanel.Pubmed_RVAbstractPlus

brother2
Aug. 2nd, 2009 09:34 pm (UTC)
Как говорит мой папа: с деньгами то каждый дурак может за хлебом сходить.
Так и с полем, понятно, что с ним, что угодно пролезет, а где оно в жывой клетке-то, да ещё наверное весьма нехилое как у этих. которые всё через дырки таскают (я кстати тож недавно на имститутском симпозиуме слушал дядьку из Дельфта, который тож похожие вещи делает).
Но я почему про воду сказал-то: вот смотри дистанция слабых взаимодействий (их ещё под одну гребёнку называют ван дер Ваальсовыми, что чаще не верно, чем верно) около 3.2~3.5 Анг (для примера межслойное расстояние в графите 3.35 Анг). Они слабые-то слабые, но когда атомов много, то и получается застревание. и чтоб эти силы побороть и приходится тащить полем. А так пора в самом узком месте 10 Анг, вот и получается, что реальный радиус дырки в которой слабые силы пренебрежимо малы - 3 Анг. Вода пройдёт, а вот бензольное кольцо уже нет. Нет ли в этом какого либо биологического смысла?

Я это всё к чему спрашиваю:
межслойное расстояние в бромом интеркалированом графите 0.7~0.8 нм, в сухом графен оксиде около 0.7, а если с водой, то до 1.3 - т.е. порядки0то величин те же. Опять таки диаметр нанотрубки (одностеночной) 1.0~1.5 нм - снова те же цифры. Опять таки диаметр дырок которые можно насверлить в графене тож 1 нм. Вот я и думаю, нет ли в этом всё какого-то биопотенциала.
Точнее в апликашынах я уже наобещал биоприменение графена, а тут как раз и картинки эти.
overscience_mes
Aug. 2nd, 2009 09:58 pm (UTC)
В общем-то, конечно биопотенциал есть, если обеспечить избирательное сродство. Вообразить то можно, поскольку мы не медики - фантазия у нас свободнее.

Мы-то и предполагаем, что когда этих трубок мало, то через них проходят только вода и низкомолекулярщина. Была даже мысль, что все, что бактерии надо часто - это некоторые катионы, типа железа - органики вокруг полно, но железо (а без него никуда) плотно связано, его не достанешь, и чтобы его получить проще дырку в клетке, где есть катионы сделать.
Когда токсинов много, дырки могут сливаться в большие, и клетки лопаться.
brother2
Aug. 2nd, 2009 10:39 pm (UTC)
Ну да, у медиков гипотез ограниченное количество - ОРЗ и беременность.

А про железо это совсем интересно, мы недавно про него как раз писали:
http://scitation.aip.org/vsearch/servlet/VerityServlet?KEY=APPLAB&smode=strresults&sort=chron&maxdisp=25&threshold=0&possible1=boukhvalov&possible1zone=author&OUTLOG=NO&viewabs=APPLAB&key=DISPLAY&docID=1&page=1&chapter=0
Оно само кого хошь порвёт.
Кстати с дырками вот ещё чего может быть, что похоже биологи не учитывают:
как конкретно на уровне химии происходит образование дырок? Остаются ли там разорваные связи?
Это я к чему: если пооблучать графит (понасверлить в нём дырок протонами), то он становицо магнитным. Да, есть мнение про примеси, но "I want to believe". И вот если представить, что по краям дырки сидят радикалы да ещё и как-то магнитно - это получается создаётся поле в котором железосодержащая молекула двидется куда надо. Возможно ли померять изменение магнитных свойств до и после прогрызения дырок?
overscience_mes
Aug. 2nd, 2009 10:54 pm (UTC)
У нас нековалентные дырки. В детергенте - оптимален гептамер, как в нормальных мембранах - вопрос приоткрытый. Мы двигали идею, что от гексамера до октамера возможно.
Магнитные свойства померять, наверное можно, в системе которую мы для патч-клампа использовали, например, но я про это ничего не знаю. А, кстати, интересно.
brother2
Aug. 2nd, 2009 11:42 pm (UTC)
А вот померяйте по приколу. А то мне чего один коллега говорил: биологи, когда меряют магнетизьм, у них он то появляется, то исчезает. Они это валят на переход high spin -> low spin у Fe(II) (там как раз будет S=2 -> S=0), который связан с симметрией лигандов железа, что несколькол странно, ибо для low spin необходим идеальный плоский квадрат, чито за пределами очень качественных кристаллов нереализемо. Он тоже чего-то хитрое двигает, а если это банальный магнетизм на dangling bonds, то это если и не полезно, то хотя бы novel. Так что сносите на SQUID. В Остине наверняка толковые магнитчики есть, в остальном Техасе - я не знаю, но должны быть.
overscience_mes
Aug. 2nd, 2009 11:49 pm (UTC)
Да работа то российская. В Техасе я совсем другим занималась :) А сейчас в Калифорнии - вот именно лоу спин-хай спин и занимаюсь, правда на биохимическом уровне. Статьи химические иногда страшно смотреть бывает, как там в геме все сложно устроено :) Я соавторше передам, она девица активная, может, и найдет коллаборацию в россии.
brother2
Aug. 2nd, 2009 11:44 pm (UTC)
Да, про гептаметр и октаметр не понял, можно подробнее, чито бтологи под этими словами понимають?
overscience_mes
Aug. 2nd, 2009 11:50 pm (UTC)
дырка состоит, как правило из семи субъединиц, они синтезируются бактерией как растворимый белок, который связывается с мембраной и образует дырки, совместными усилиями всех субъединиц.
brother2
Aug. 3rd, 2009 12:08 am (UTC)
Мне кааца тут несколько иное. Вот если бы это "субЪединицы" (простиг~сподесловотокакое), были слабосвязаны, то они бы и так ломались при организманых температурах. Сомнительное с одной стороны утверждение, ибо тот же графит огого какой ткрмостойкий, но опять он высокосимметричный, и иам все со всеми повязаны, так что с другой стороны не так и сумнительно. Короче, раз дырки эти сами по себе не появляюцо, то скорее всего рушацо ковалентные связи. Блин, всё равно как-то вилами на воде, ну да хер с ними, может магнетизм и покажет.
Что образцы в РФ, тож неплохо, могу подсказать людей в Маскве (не совсем в Маскве а в Niggaheads), в Ё-бурге и в Н-ске. Я в принципе скоро там буду, так что если что, смогу осуществить kick ass, kick nutts и другие руководящие работы. Если чего, мыло у меня в профайле.
overscience_mes
Aug. 3rd, 2009 12:53 am (UTC)
Отлично, девица из отпуска вернется и обсудим.
overscience_mes
Aug. 3rd, 2009 12:55 am (UTC)
Но протомеры и без ковалентщины так закручены, что черта с два разорвешь.
( 18 comments — Leave a comment )

Latest Month

May 2018
S M T W T F S
  12345
6789101112
13141516171819
20212223242526
2728293031  

Tags

Powered by LiveJournal.com
Designed by Ideacodes