?

Log in

No account? Create an account

Previous Entry | Next Entry

очевидное

Меня, что-то, достали причитания о невоспроизводимости результатов в современной биологии. Помимо чистой лажи и притягивания за уши, есть еще феномен чисто биологических сложных систем, с которым надо жить.

Рассмотрим пример невоспроизводимости на простейшем примере.
Задача: Вам надо порезать ДНК на кусочки. Все очень просто, есть белок-рестриктаза, или эндонуклеаза рестрикции, которая с этим легко справляется, если ее добавить к ДНК в соответствующем буфере. Таким образом, нужно смешать четыре компонента в одной пробирке и подержать при нужной температуре.

Нет, конечно, правильный биолог добавит сначала буфер к воде, тщательно перемешает, потом ДНК, и к ней фермент. И на выходе получит правильное расщепление ДНК.

Но допустим (рассматриваем альтернативные варианты) : Мы лихо взялись за дело, и добавили в пробирку воду и белок, нагрели и начали решили добавить ДНК и буфер. За это время белок денатурировал, и ничем не смог повредить двойным спиралькам, что явно противоречит успехам предыдущих товарищей.

Допустим, мы все сделали как в варианте №1, но перемешали похуже, и получили промежуточную картину, где наблюдались уже три полосы.

Если мы, экономя реактивы, решили провести реакцию в меньшем объеме, то могли добавить непропорционально-большое количество фермента (и буфера в котором он растворен) в смесь, то в белке могли взыграть дремлющие силы, которые вынудили бы его утратить специфичность и кусать ДНК на более мелкие кусочки.

Так же, белок и ДНК могли быть разной чистоты, и примеси вносить дополнительные искажения в наблюдаемую картину.

И все это можно наблюдать в очень простом случае. А теперь представим, что мы можем наблюдать в случае сложных смесей биомолекул, о свойствах которых мало что известно? А теперь вспомним, что единственно правильного способа ставить такого рода эксперименты не существует, и каждый старается как может...

В хороших журналах все это лечится требованиями многоуровневых доказательств, но даже это не является панацеей. В журналах помельче, такого требования нет, и опубликованное в них может иметь отношение к жизни, а может и не иметь. И, Мария, если это все сделать идеально, то больше чем одна мысль - в статью просто не поместится.
А воспроизведется или нет, ну тут уж как повезет.
Мысль побочная, о том, как важно правильно выбирать в биологии то, что делать, ибо таким макаром всю жизнь можно убить на маловажную фигню.

Tags:


Comments

( 109 comments — Leave a comment )
seadevil001
Oct. 6th, 2013 02:11 am (UTC)
От таких действий, отучают еще в универе, если не в аспирантуре, накрайняк. Просто у нас сейчас Птолеемева система. Вот придет Коперник, жизнь упростится. Но это только часть, проблемы и меньшая.
overscience_mes
Oct. 6th, 2013 02:16 am (UTC)
от каких действий? я в конце рассуждаю о более реальной ситуации с кучей неизвестных...
я не об ошибках, а об имманентной сложности системы

ну да, интересно мы доживем до Коперника?
(no subject) - seadevil001 - Oct. 6th, 2013 04:47 am (UTC) - Expand
(no subject) - overscience_mes - Oct. 6th, 2013 03:40 pm (UTC) - Expand
(no subject) - seadevil001 - Oct. 6th, 2013 04:18 pm (UTC) - Expand
(no subject) - overscience_mes - Oct. 6th, 2013 04:22 pm (UTC) - Expand
(no subject) - seadevil001 - Oct. 6th, 2013 07:06 pm (UTC) - Expand
alleukemist
Oct. 6th, 2013 02:41 am (UTC)
Логично. Но много и лажи намеренной.
overscience_mes
Oct. 6th, 2013 02:48 am (UTC)
вопрос насколько много...
не любила я то, что называется клеточной биологией, мне в ней мутно и невнятно, но чему-то научилась :)
prof_moriarty
Oct. 6th, 2013 02:56 am (UTC)
Это лечиццо лабами. 6 пар лаб в неделю и ты уже не думаешь, по какой схеме измерять сопротивление. 8 пар и ты вообще не думаешь, а руки все сами делают.
Ну ваши соображения не оправдание.
overscience_mes
Oct. 6th, 2013 03:02 am (UTC)
а у нас нет правильной схемы...более того, к открытиям часто ведут неправильные схемы

не про открытие: я как-то пару месяцев делала то, что не получалось, я уже даже и начальство убедила, что тут что-то тогось... но по инерции между делом продолжала
и поленилась идти к термостату с нужной температурой, использовала ту, которая была ниже
из этой лени получилось две хорошие статьи
(no subject) - prof_moriarty - Oct. 6th, 2013 03:10 am (UTC) - Expand
(no subject) - overscience_mes - Oct. 6th, 2013 03:12 am (UTC) - Expand
(no subject) - prof_moriarty - Oct. 6th, 2013 03:14 am (UTC) - Expand
(no subject) - overscience_mes - Oct. 6th, 2013 03:16 am (UTC) - Expand
(no subject) - prof_moriarty - Oct. 6th, 2013 03:18 am (UTC) - Expand
nenastja
Oct. 6th, 2013 03:00 am (UTC)
Вот-вот, все дело в биологически сложной системе. Состоящей из рук воспроизводящего эксперимент и его мозга, а также мозга начальника.
overscience_mes
Oct. 6th, 2013 03:04 am (UTC)
о кстати, да, я хотела еще написать про испорченный телефон на этом этапе, напишу еще

slider_z
Oct. 6th, 2013 05:35 am (UTC)
Если бы только в биологии результаты не воспроизводились... У меня таких примеров воз и маленькая тележка. Всё благодаря авторам, которые забыли упомянуть какую-нибудь маленькую, но важную деталь.
overscience_mes
Oct. 6th, 2013 03:46 pm (UTC)
я только что воспроизводила опубликованный мелкий, но важный эффект опубликованный в этой лабе - начальница ничем помочь мне не могла... потому что непонятно, эта маленькая деталь важная или нет
но именно в них то и собака зарыта, когда деталь, таки, важная
leolion_1
Oct. 6th, 2013 06:23 am (UTC)
Вот она, глубинная разница между био и хим. У нас вот это вот - добавили не в том порядке, перемешали похуже - это называется кривые руки, а не "естественная невоспроизводимость". Это неизвиняемо есть, потому что если ты воспроизводишь за кем-то, то никакого волюнтаризма по части порядка и качества перемешивания быть не должно. Равно как и экспериментальная часть не может выглядеть как "долили и перемешали, все!". Каждое действие должно быть подробно описано по параметрам.

Естественная невоспроизводимость биосистем, которую я понимаю, это неуказанный шаг, на который никто не обратил внимания, а именно он-то и был значим. То, что не присутствует в описании не по халатности или злому умыслу, а именно что по незнанию. Например, никто не знал, что у данного белка есть какой-нибудь светочувствительный домен (или он способен реагировать на свету с тем, что есть в растворе), поэтому никто не обращал внимания на то, что работа на хорошо освещенном столе или в пасмурном углу имеет значение. Что-то вроде того. Потому что это многопарамерические системы, и в этом их сложность.
Но это только налагает дополнительные требования к качеству описания эксперимента.

Ты бы видела лабораторные журналы моих студентов. Я за них деру три шкуры и заставляю вести в бумажном и электронном виде одновременно. У меня есть в загашнике невоспроизводимая история с очень привлекательным результатом, которой я их тычу в нос, и на которой уже два человека обломали себе зубы - почему? А потому - и тут я достаю его журнал, в котором эксперимент был описан телеграфно. Самая страшная угроза, если я обнаруживаю недостаточно подробно заполненный отчет о текущем эксперименте, "заставлю воспроизводить эту задачу". Я требую записывать даже самочувствие, если человек заболевал или только что вышел после болезни. Ты думаешь, я самодур(а)? Ни фига. Я тебе потом расскажу, откуда взялись те позолоченные микробы:)))

Поэтому невоспроизводимость биорезультатов как естественный спутник экспериментатора в этой области я принимаю, но описанную тобой в оправдание схему - нет.
prof_moriarty
Oct. 6th, 2013 09:57 am (UTC)
Это везде кривые руки
(no subject) - ilia_yasny - Oct. 6th, 2013 10:26 am (UTC) - Expand
(no subject) - prof_moriarty - Oct. 6th, 2013 10:32 am (UTC) - Expand
(no subject) - ilia_yasny - Oct. 6th, 2013 05:58 pm (UTC) - Expand
(no subject) - prof_moriarty - Oct. 6th, 2013 06:03 pm (UTC) - Expand
(no subject) - overscience_mes - Oct. 6th, 2013 03:57 pm (UTC) - Expand
(no subject) - overscience_mes - Oct. 6th, 2013 03:57 pm (UTC) - Expand
p2004r
Oct. 6th, 2013 01:12 pm (UTC)
браво!

но в случае когда собственный результат не воспроизводится, а вся "многопараметность" не описанная в условиях и поэтому не воспроизводимая, просто отсеется как не повторимая в собственных экспериментах исследователя? просто обязана это сделать, иначе критерий научности того что делает исследователь --- воспроизводимость, не выдержано.
(no subject) - overscience_mes - Oct. 6th, 2013 03:59 pm (UTC) - Expand
(no subject) - p2004r - Oct. 6th, 2013 04:11 pm (UTC) - Expand
(no subject) - overscience_mes - Oct. 6th, 2013 04:12 pm (UTC) - Expand
(no subject) - p2004r - Oct. 6th, 2013 05:04 pm (UTC) - Expand
overscience_mes
Oct. 6th, 2013 03:56 pm (UTC)
я понимаю о чем ты, но надо быть реалистом, и нет у нас официального порядка смешивания компонентов...

схема была не в оправдание, а как иллюстрация - когда мы понимаем свойства системы, все исходы описанной процедуры воспроизводимы!!! Но для того, чтобы узнать свойства - надо было сначала получить "невоспроизводимый" результат...
leolion_1
Oct. 6th, 2013 06:31 am (UTC)
Я тебе еще хочу сказать, что при всей оправдательной силе неравновесной термодинамики в ваш адрес, у матери-природы все воспроизводится. По крайней мере, в подавляющем большинстве тех процессов и систем, которые вы изучаете. Вот из этого и надо исходить.
termometr
Oct. 6th, 2013 01:47 pm (UTC)
линия Пригожина в объяснении живого ведет в тупик.
(no subject) - leolion_1 - Oct. 6th, 2013 02:10 pm (UTC) - Expand
(no subject) - termometr - Oct. 6th, 2013 03:40 pm (UTC) - Expand
(no subject) - overscience_mes - Oct. 6th, 2013 04:04 pm (UTC) - Expand
(no subject) - termometr - Oct. 6th, 2013 05:08 pm (UTC) - Expand
(no subject) - termometr - Oct. 7th, 2013 03:51 pm (UTC) - Expand
(no subject) - leolion_1 - Oct. 7th, 2013 04:19 pm (UTC) - Expand
(no subject) - termometr - Oct. 7th, 2013 04:34 pm (UTC) - Expand
тут интересная ссылка. - termometr - Feb. 16th, 2014 09:26 am (UTC) - Expand
(no subject) - termometr - Feb. 16th, 2014 09:24 am (UTC) - Expand
(no subject) - overscience_mes - Oct. 6th, 2013 04:06 pm (UTC) - Expand
(no subject) - leolion_1 - Oct. 6th, 2013 04:07 pm (UTC) - Expand
(no subject) - overscience_mes - Oct. 6th, 2013 04:09 pm (UTC) - Expand
overscience_mes
Oct. 6th, 2013 04:04 pm (UTC)
да, как тебе сказать, мама-природа тоже глючит не по детски, если изменить условия - чернобыль там, невесомость или просто жара
где тогко там и рвется, а нам надо понять где именно рвется
(no subject) - leolion_1 - Oct. 6th, 2013 04:06 pm (UTC) - Expand
(no subject) - overscience_mes - Oct. 6th, 2013 04:07 pm (UTC) - Expand
(no subject) - p2004r - Oct. 6th, 2013 06:16 pm (UTC) - Expand
shvarz
Oct. 6th, 2013 08:40 am (UTC)
Каменты жгут, особенно от небиологов.
leolion_1
Oct. 6th, 2013 09:57 am (UTC)
Небиологи просто в курсе, что чувствительность системы к начальным условиям не означает разрешения на полное ими пренебрежение. Да, в случае сложных неравновесных систем даже небольшое расхождение на старте может дать очень большой разброс, но в таком случае стоит сосредоточиться на том, в чем же это расхождение состояло. В противном случае, полученный результат просто невозможно использовать.
(no subject) - shvarz - Oct. 6th, 2013 10:11 am (UTC) - Expand
(no subject) - overscience_mes - Oct. 6th, 2013 04:11 pm (UTC) - Expand
(no subject) - seadevil001 - Oct. 6th, 2013 06:59 pm (UTC) - Expand
(no subject) - shvarz - Oct. 6th, 2013 07:56 pm (UTC) - Expand
(no subject) - seadevil001 - Oct. 6th, 2013 08:40 pm (UTC) - Expand
(no subject) - shvarz - Oct. 6th, 2013 09:05 pm (UTC) - Expand
(no subject) - leolion_1 - Oct. 7th, 2013 05:53 am (UTC) - Expand
(no subject) - shvarz - Oct. 7th, 2013 06:54 am (UTC) - Expand
(no subject) - leolion_1 - Oct. 7th, 2013 12:34 pm (UTC) - Expand
(no subject) - shvarz - Oct. 7th, 2013 12:36 pm (UTC) - Expand
(no subject) - leolion_1 - Oct. 7th, 2013 12:56 pm (UTC) - Expand
(no subject) - termometr - Oct. 7th, 2013 01:15 pm (UTC) - Expand
(no subject) - leolion_1 - Oct. 7th, 2013 01:45 pm (UTC) - Expand
(no subject) - termometr - Oct. 7th, 2013 03:20 pm (UTC) - Expand
(no subject) - leolion_1 - Oct. 7th, 2013 04:05 pm (UTC) - Expand
(no subject) - termometr - Oct. 7th, 2013 04:08 pm (UTC) - Expand
(no subject) - termometr - Oct. 7th, 2013 04:09 pm (UTC) - Expand
(no subject) - shvarz - Oct. 7th, 2013 01:39 pm (UTC) - Expand
(no subject) - leolion_1 - Oct. 7th, 2013 01:54 pm (UTC) - Expand
(no subject) - overscience_mes - Oct. 7th, 2013 03:12 pm (UTC) - Expand
(no subject) - termometr - Oct. 7th, 2013 03:38 pm (UTC) - Expand
(no subject) - shvarz - Oct. 7th, 2013 10:42 pm (UTC) - Expand
(no subject) - seadevil001 - Nov. 11th, 2013 01:37 am (UTC) - Expand
(no subject) - overscience_mes - Nov. 11th, 2013 01:55 am (UTC) - Expand
(no subject) - seadevil001 - Nov. 11th, 2013 02:05 am (UTC) - Expand
(no subject) - overscience_mes - Nov. 11th, 2013 02:11 am (UTC) - Expand
(no subject) - seadevil001 - Nov. 11th, 2013 02:15 am (UTC) - Expand
(no subject) - shvarz - Nov. 11th, 2013 02:14 am (UTC) - Expand
(no subject) - seadevil001 - Nov. 11th, 2013 02:17 am (UTC) - Expand
(no subject) - shvarz - Nov. 11th, 2013 02:34 am (UTC) - Expand
(no subject) - seadevil001 - Nov. 11th, 2013 02:55 am (UTC) - Expand
(no subject) - shvarz - Nov. 11th, 2013 02:59 am (UTC) - Expand
(no subject) - seadevil001 - Nov. 11th, 2013 03:11 am (UTC) - Expand
(no subject) - overscience_mes - Nov. 11th, 2013 03:19 am (UTC) - Expand
(no subject) - seadevil001 - Nov. 11th, 2013 04:13 am (UTC) - Expand
(no subject) - termometr - Oct. 6th, 2013 01:46 pm (UTC) - Expand
(no subject) - leolion_1 - Oct. 6th, 2013 02:04 pm (UTC) - Expand
(no subject) - termometr - Oct. 6th, 2013 03:45 pm (UTC) - Expand
shvarz
Oct. 6th, 2013 10:00 am (UTC)
А по существу вопроса, сложность биологических систем конечно очень велика и мы всегда имеем (используя терминологию Рамсфелда) массу unknown unknowns. Записывается в журнал только узкий спектр того, что исследователь считает важным для воспроизводимости эксперимента, обычно это некий стандартный набор основанный на опыте предыдущих поколений плюс собственный опыт исследователя. И чем новее и "неиследованней" изучаемый процесс, тем уже этот спектр и это суровая правда жизни. Соответственно и невоспроизовдимость - суровая правда жизни, с которой приходится жить. Если не можешь - изучай то, что уже очень хорошо изучено и "заполняй дырки". Собственно единственным строгим требованием по воспроизводимости является только воспроизводимость в руках конкретного человека. Более широкая воспроизводимость - это бонус, а во многих случаях наоборот - невоспроизводимость является бонусом, потому что указывает на то, что процесс недостаточно изучен и там еще копать много чего осталось.
(no subject) - ilia_yasny - Oct. 6th, 2013 10:28 am (UTC) - Expand
(no subject) - overscience_mes - Oct. 6th, 2013 04:16 pm (UTC) - Expand
(no subject) - p2004r - Oct. 6th, 2013 01:15 pm (UTC) - Expand
(no subject) - old_surehand - Oct. 9th, 2013 06:06 pm (UTC) - Expand
(no subject) - shvarz - Oct. 9th, 2013 07:21 pm (UTC) - Expand
(no subject) - old_surehand - Oct. 9th, 2013 07:46 pm (UTC) - Expand
(no subject) - shvarz - Oct. 9th, 2013 07:50 pm (UTC) - Expand
(no subject) - old_surehand - Oct. 9th, 2013 08:08 pm (UTC) - Expand
(no subject) - shvarz - Oct. 9th, 2013 08:12 pm (UTC) - Expand
p2004r
Oct. 6th, 2013 01:12 pm (UTC)
Вас уже читали на эту тему :) плакать хочется :(
prof_moriarty
Oct. 6th, 2013 01:21 pm (UTC)
all science is either physics or stamp collecting
(no subject) - shvarz - Oct. 6th, 2013 01:24 pm (UTC) - Expand
overscience_mes
Oct. 6th, 2013 04:08 pm (UTC)
и не говори!!! что говорит о том, что этот момент, в массе, людям непонятен

old_surehand
Oct. 9th, 2013 06:21 pm (UTC)
Тут кто-то заметил, что камменты небиологов жгут.
По-моему и биологов - тоже. Какие "фазовые переходы" в клеточной биологии или иммунологии? :)

В биологических системах воспроизводятся не так величины, как сам эффект. У нормальных людей на воспроизводимость in vivo иногда еще влияет величина выборки и тогда помогает посмотреть то же самое, но с удвоенным-утоенным n и считать методами робастной статистики.
manpupunera
Oct. 19th, 2013 07:29 pm (UTC)
А у нас часто проблема с качеством реактивов, та же полимераза полудохлая при ПЦР может лажать или концентрации не соответствуют написанным на этикетке, приходится специально так выстраивать пробники, чтобы в случае невоспроизводимости было проще определить в чём собственно проблема. Научные приборы, инструменты, реактивы - всё это тоже не идеально и привносит свой вклад в сложность экспериментальных условий. Ну и объекты конечно же тоже имеют изменчивость в связи с факторами которые не учтёшь заранее.
( 109 comments — Leave a comment )

Latest Month

May 2017
S M T W T F S
 123456
78910111213
14151617181920
21222324252627
28293031   
Powered by LiveJournal.com
Designed by Ideacodes